Program Sarjana UIN Syarif Hidayatullah Jakarta terdiri dari total 56 jurusan pada 12 Fakultas dan 1 Sekolah Pascasarjana, dengan rumpun keilmuan bidang keislaman, humaniora, pendidikan, psikologi, politik, ekonomi, teknik, kesehatan hingga kedokteran. Berbagai program studi ini sebagian besar telah berakreditasi Unggul dan akreditasi internasional Unconditional. Kegiatan belajar dan mengajar di berbagai program studi ini dilakukan oleh para dosen dengan kualifikasi doktor dan guru besar dalam berbagai kepakaran. Iklim akademik ditopang infrastruktur belajar yang modern menjadikan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta sebagai Perguruan Tinggi tujuan dalam mewujudkan cita-cita para mahasiswa.