Biaya perkuliahan mahasiswa-mahasiswi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta diterapkan dalam bentuk Uang Kuliah Tunggal (UKT). Penetapan UKT sendiri dilakukan dengan mengikuti regulasi yang berlaku seperti Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi dan Peraturan Menteri Agama RI Nomor 7 Tahun 2018 Standar Bantuan Biaya Operasional Pendidikan Tinggi pada Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri. 

1. Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi
2. Peraturan Menteri Agama RI Nomor 7 Tahun 2018 tentang Standar Satuan Biaya Operasional Pendidikan Tinggi pada Perguruan Tinggi Keagamaan Negeri
3. Keputusan Menteri Agama RI Nomor 368 Tahun 2024 tentang Uang Kuliah Tunggal pada Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri Tahun Akademik 2024-2025