Program profesi oleh UIN Syarif Hidayatullah terdiri dari Program Studi Profesi Guru, Program Profesi Apoteker, Program Profesi Ners dan Program Profesi Dokter. Program profesi dari masing-masing fakultas telah menghadirkan inovasi terbaik untuk mewujudkan sistem pembelajaran yang dapat menunjang calon mahasiswa untuk mendapatkan hasil terbaik dari program studi profesi ini.