Program Magister di Lingkungan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta

• Magister Pengkajian Islam (Sekolah Pascasarjana UIN Syarif Hidayatullah Jakarta) 
• Magister Pendidikan Bahasa Inggris (Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan) 
• Magister Pendidikan Agama Islam (Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan) 
• Magister Pendidikan Bahasa Arab (Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan)
• Magister Manajemen Pendidikan Islam (Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan)
• Magister Bahasa dan Sastra Arab (Fakultas Adab dan Humaniora)
• Magister Sejarah dan Kebudayaan Islam (Fakultas Adab dan Humaniora)
• Magister Studi Agama-Agama (Fakultas Ushuluddin)
• Magister Aqidah dan Filsafat Islam (Fakultas Ushuluddin)
• Magister Ilmu Al-Qur'an dan Tafsir (Fakultas Ushuluddin)
• Magister Hukum Ekonomi Syariah (Fakultas Syariah dan Hukum)
• Magister Hukum Keluarga/Ahwal Syakhsiyyah (Fakultas Syariah dan Hukum)
• Magister Komunikasi dan Penyiaran Islam (Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi)
• Magister Manajemen Dakwah (Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi)
• Magister Dirasat Islamiyah (Fakultas Dirasat Islamiyah)
• Magister Agribisnis (Fakultas Sains dan Teknologi)
• Magister Perbankan Syariah (Fakultas Ekonomi dan Bisnis)
• Magister Ekonomi Syariah (Fakultas Ekonomi dan Bisnis)
• Magister Psikologi (Fakultas Psikologi)
• Magister Sosiologi (Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik)
• Magister Ilmu Politik (Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik)